W pomieszczeniu ołtarzowym znajdują się pozostałości stołu ołtarzowego z XII w. Aktualnie użytkowany stół ołtarzowy pochodzi z XVII w. W największej absydzie znajdują się pozostałości górnego miejsca i miejsc dla kapłanów. Chociaż monaster św. Cyryla nie był budowany jako siedziba biskupa, fundator polecił urządzenie miejsca dla biskupa, spodziewając się, że hierarchowie będą regularnie odwiedzać świątynię i służyć w niej.
Dekoracja malarska wnętrza Obecna bogata dekoracja malarska wnętrza obiektu została wykonana w latach 1881–1884 przez zespół artystów pod kierunkiem Adriana Prachowa (będącego też autorem projektu ikonostasu), który równocześnie dokonał konserwacji zachowanych malowideł z okresu średniowiecza. Były to sceny biblijne – Narodzenie Chrystusa, Eucharystia, Zaśnięcie Bogurodzicy, Zwiastowanie, Sąd Ostateczny oraz Apokalipsa – i portrety ewangelistów, proroków i męczenników, w tym imponujące malowidło Św. Cyryl nauczający heretyka. Michaił Wrubel wykonał z kolei freski znajdujące się dziś w narteksie oraz ikony ikonostasuEncyclopedia of