Obok wymiany ludności pomiędzy Grecją i Turcją powołana komisja Ligi Narodów, nadzorowała także inne przesiedlenia, w tym przewidzianą specjalną konwencją grecko-bułgarską z listopada 1919 r. (podpisaną przy okazji zawierania traktatu z Neuilly) wymianę ludności pomiędzy Bułgarią a Grecją. Nastąpiła wówczas masowa emigracja słowiańskich mieszkańców Macedonii Egejskiej (z jednej strony wobec wcześniejszych krwawych konfliktów, z drugiej w obawie Słowian przed wzmożoną hellenizacją, spowodowaną bardzo dużym napływem imigrantów greckich), przede wszystkim do Bułgarii (ok. 100 tys. osób), w drugą stronę zmierzali emigranci greccy z Bułgarii (ok. 50 tys. osób). Zwraca uwagę faktycznie dobrowolny charakter tych przesiedleń (w Grecji pozostało ok. 50 tys. Bułgarów).
Współczesne konsekwencje traktatu Niektóre z rozwiązań wprowadzonych traktatem okazały się nieskuteczne we współczesnych czasach. Pojawiły się spory między Turcją a Grecją dotyczące granic wód terytorialnych i przynależności niezamieszkanych wysp Morza Egejskiego. Z kolei w 1974 r. Turcja, obawiając się przyłączenia Cypru do Grecji, dokonała inwazji na tę wyspę, w której północnej części powołała nieuznawaną przez inne państwa turecką republikę Cypru Północnego.