Jako dowódca swego regimentu Gordon wziął udział w wojnie polsko-rosyjskiej roku 1792 i wyróżnił się szczególnie w walkach na Ukrainie i Wołyniu, biorąc m.in. udział w bitwie pod Zieleńcami. Po klęsce Polaków stacjonował w Poznaniu, pracując w komisji mającej za zadanie zredukowanie liczebności polskich wojsk do połowy. Po wybuchu Insurekcji kościuszkowskiej Gordon natychmiast zgłosił do niej akces wraz ze swym pułkiem (970 żołnierza) i wszedł w skład dywizji gen. Jana Grochowskiego, odznaczając się w bitwie pod Szczekocinami i później, w czasie oblężenia Warszawy, w walkach na Woli, w czasie których odniósł ciężkie rany i musiał się wycofać z czynnej służby wojskowej, powróciwszy do rodzinnego Krakowa.
W czasach Księstwa Warszawskiego Karol Gordon pozostawał w rezerwie, ale po utworzeniu Wolnego Miasta Krakowa senat krakowski mianował go w 1816 komendantem milicji miejskiej, stawiając go na czele 300 milicjantów pieszych i 40 żandarmów konnych.
Karol Gordon zmarł w Krakowie i został tam pochowany. O jego stosunkach rodzinnych nic nie wiadomo.