Po zniszczeniu w 1810 świątynię po raz kolejny przebudowano. Wewnątrz kościoła znajdowały się freski namalowane w latach 1765–1767, 1780 i 1860 przez artystów: Głowackiego, Piotrowskiego i Fursta. Po zamknięciu pobernardyńskiego kościoła św. Antoniego w 1865 r. przeniesiono z niego uznawany za cudowny obraz św. Antoniego – patrona Mohylewa. Obraz zaginął podczas II wojny światowej.
W czasach sowieckich od 1935 w świątyni mieściło się archiwum NKWD, a w latach 1964–1986 Archiwum Państwowe Obwodu Mohylewskiego.
W latach 1990–1996 staraniami proboszcza i wiernych przeprowadzono odbudowę i odnowę kościoła oraz przywrócono jego pierwotną funkcję sakralną. Dnia 13 lipca 1996 kardynał Kazimierz Świątek dokonał ponownej konsekracji kościoła. Od 1991 jest to konkatedra archidiecezji mińsko-mohylewskiej.
W 2021 r. Narodowy Bank Republiki Białorusi wyemitował okolicznościową monetę o nominale 2 rubli z wizerunkiem kościoła na rewersie.
Architektura Świątynia jest trójnawową bazyliką. W centrum szerokiej fasady znajduje się monumentalny czterokolumnowy portyk z trójkątnym frontonem, flankowany przez dwie trójkondygnacyjne czworoboczne wieże, o górnych kondygnacjach ośmiobocznych, nakrytych kopułowymi hełmami.