Sułtanka Kösem utraciła tytuł regentki w 1632 roku, a Murad zaczął sprawować własne, krwawe rządy. Jego stosunki z matką uległy znacznemu pogorszeniu, jednak Mahpeyker wciąż rządziła państwem pod nieobecność sułtana. Nie ostrzegła swojego syna, Sulejmana przed śmiercią w 1635 roku oraz doprowadziła do zamordowania swojego najzdolniejszego dziecka, Kasima w 1638 roku. Wszystkie swoje córki wydawała wielokrotnie za mąż, nawet w wieku trzech lat, czerpiąc ogromne korzyści z ich małżeństw politycznych.
Po raz drugi Sułtan Murad zmarł 8 lutego 1640 roku z powodu marskości wątroby. Na łożu śmierci rozkazał zabić swojego najmłodszego brata, księcia Ibrahima, ostatniego męskiego członka dynastii osmańskiej. Nie chcąc dopuścić do wygaśnięcia rodu, Kösem przekupiła katów i wmówiła Muradowi, że jego brat nie żyje. Następnie wyciągnęła Ibrahima z klatki i posadziła go na tronie, zostając tym samym po raz kolejny Sułtanką Matką. Skutecznie zajmowała się rządzeniem Imperium, podczas gdy jej syn, zdegenerowany, psychicznie chory i wyuzdany seksualnie człowiek, rzucił się w wir zabaw haremowych.