W 1993 roku ze względu na podyktowaną sumieniem odmowę pełnienia służby wojskowej zaczęto wtrącać Świadków Jehowy do więzień. W roku 1993 około 600 osób przyjęło chrzest, a dwa lat później jakieś 6000 osób było obecnych na uroczystości Wieczerzy Pańskiej. W 1999 roku rząd armeński odmówił rejestracji wyznania, co wiązało się z wyrokami skazującymi dla młodych Świadków za odmowę pełnienia służby wojskowej, podyktowaną względami religijnymi. Dwa lata później korzystne wyroki sądowe uwolniły Świadków Jehowy od zarzutu bezprawnej działalności religijnej. W tym czasie w Armenii działało ponad 7 tysięcy głosicieli.
Rejestracja wyznania 8 października 2004 roku – po złożeniu piętnastego wniosku o rejestrację – Świadkowie Jehowy zostali zalegalizowani. Nie spowodowało to jednak zakończenia procesów wytaczanych za odmowę służby wojskowej.
W czerwcu 2005 roku po raz pierwszy do Armenii oficjalnie dotarła przesyłka z literaturą religijną Świadków Jehowy. Rok później 100 armeńskich delegatów brało udział w kongresie międzynarodowym pod hasłem „Wyzwolenie jest blisko!” w Chorzowie. W 2007 roku w kraju działało 9618 wyznawców, a na uroczystości Wieczerzy Pańskiej (Pamiątce) zebrało się 23 977 osób.