W grudniu 2005 Nasheed został wybrany przewodniczącym MDP, którym pozostał do lutego 2008.
12 sierpnia 2005, w celu uczczenia rocznicy „Czarnego piątku” (stłumienie siłą demonstracji, zorganizowanej po uwięzieniu działaczy opozycyjnych), wraz z pozostałymi działaczami MDP, był organizatorem protestu na Placu Republikańskim w Male. Po kilku godzinach protestujący zostali siłą usunięci z placu i uwięzieni w siedzibie służb bezpieczeństwa. W odpowiedzi, w stolicy wybuchły trzydniowe zamieszki, spacyfikowane ostatecznie przez siły wojskowe, Minivan News, 15 sierpnia 2005. 23 sierpnia 2006, za swój udział w demonstracji, został oskarżony o „terroryzm, wrogą działalność i podburzanie do przemocy przeciw prezydentowi”. Został osadzony w areszcie domowym, w którym pozostał do 21 września 2006Maldives: Writer and leading opposition politician Mohamed Nasheed freed, Pen English, 2 października 2006.
Wybory prezydenckie w 2008 thumb|240px|Prezydent Mohamed Nasheed, 2009 Ze względu na coraz częstsze protesty społeczne i głosy domagające się demokratyzacji kraju, prezydent Gayoom postanowił zorganizować 18 sierpnia 2007 referendum na temat systemu rządów na Malediwach.