Po pierwszej turze wyborów otrzymał poparcie od wszystkich pozostałych kandydatów opozycji, Minivan News, 10 października 2008.. W drugiej turze wyborów, która miała miejsce 28 października 2008, pokonał prezydenta Gayooma, zdobywając 53,65% głosów"Former prisoner Mohamed Nasheed wins Maldives election", Telegraph.co.uk, 29 października 2008."Maldives president admits defeat", BBC News, 29 października 2008.. Urząd trzeciego, a pierwszego demokratycznie wybranego, prezydenta Malediwów objął 1 listopada 2008" New Maldives president sworn in", BBC News, 11 listopada 2008..
Prezydentura 17 października 2009 prezydent Nasheed, wraz z 11 ministrami swego gabinetu, odbył posiedzenie rządu cztery metry pod powierzchnią wody. Wydarzenie to miało na celu zwrócenie uwagi opinii publicznej i decydentom na całym świecie na problem ocieplania się klimatu i związanego z tym podnoszenia się poziomu mórz i oceanów, zagrażającym wielu wyspiarskim państwom.