Do Limy powrócił dopiero po trzech latach i ponownie objął posadę wykładowcy teologii. W 1576 roku został wybrany prowincjałem zakonu. Często konsultował swoje badania i zbierał informacje na temat Ameryki Łacińskiej od podróżników, marynarzy, kupców i innych odkrywców. Poza tym wspierał rozwój szkolnictwa w Nowym Świecie, z jego inicjatywy powstało kilka jezuickich kolegiów, między innymi w Arequipa, Potosí, Sucre, Panamie czy w La Paz. Spotykał się jednak często z oporem ze strony władz świeckich. Dzięki funkcji prowincjonała podróżował po bardzo rozległych terenach, co umożliwiało mu zbieranie szczegółowych informacji na temat geografii, biologii czy demografii hiszpańskich kolonii. Szczególnie interesowały go zwyczaje i kultura rdzennych mieszkańców Ameryki. W 1582 roku Acosta wziął udział w trzecim synodzie w Limie. Odgrywał tam znaczącą rolę, a jego zapiski dotyczące przebiegu obrad stanowią jedno z najważniejszych źródeł historycznych dotyczących synodu"Acosta, José De." Complete Dictionary of Scientific Biography. 2008.