Wszyscy zostali umieszczeni w obozach koncentracyjnych; jedynie Otto Frank przeżył wojnę.

thumb|Muzeum - widok od Prinsengracht

Po aresztowaniu grupy kryjówka została przeszukana, a ubrania, meble i inne przedmioty codziennego użytku zostały przejęte przez władze i przekazane niemieckim rodzinom – ofiarom bombardowań. Tuż przed opróżnieniem kryjówki Miep Gies i Bep Voskuijl zdołali uratować część przedmiotów. Wśród nich były pamiętniki Anne.

Po zakończeniu wojny Otto Frank powrócił do Amsterdamu i otrzymał rękopisy córki. W 1947 ukazało się pierwsze wydanie Dziennika Anne Frank.

Muzeum thumb|Rekonstrukcja regału z książkami, za którym znajdowało się wejście do kryjówki Wkrótce po publikacji Dziennika Anne Frank w budynku przy Prinsengracht 265 pojawili się pierwsi chętni do obejrzenia kryjówki. Współpracownicy Ottona Franka, którzy podczas wojny pomagali ukrywającym się, urządzali nieoficjalne prezentacje. W 1955 okoliczne domy zostały kupione przez agencję nieruchomości, która chciała je wyburzyć i zbudować w tym miejscu fabrykę. 23 listopada 1955 w gazecie Het Vrije Volk rozpoczęła się kampania mająca na celu ocalenie budynku i wpisanie go na listę ochronną. 3 maja 1957 roku powstała "Fundacja Anne Frank" założona przez Ottona Franka i Johannesa Kleimana.