Bieszczady zbudowane są ze skał osadowych, łupków ilastych i marglistych oraz piaskowców, które określane są ogólnie fliszem karpackim. Osady te utworzone zostały w okresie kredy do starszego trzeciorzędu (paleogenu), a następnie wypiętrzone i sfałdowane w okresie młodszego trzeciorzędu (neogenu). Najstarszymi utworami geologicznymi obszaru Bieszczadów są tzw. wkładki skał dolnokredowych znajdujących się w okolicach Baligrodu, Wetliny i Ustrzyk Górnych, jak również łupki i piaskowce górnej kredy zwane piaskowcami inoceramowymi. Najwyższe szczyty Bieszczadów zbudowane są głównie z piaskowców i łupków krośnieńskich, które zawierają blisko 40% węglanu wapnia. Obniżenia terenu i dna dolin rzecznych zajmują utwory aluwialne i deluwialne. Badania szlifów skalnych wykazały, że większość skał w tym m.in. piaskowce krośnieńskie zawierają znaczne ilości minerałów stanowiących naturalne źródło wielu składników pokarmowych dla roślin w tym: biotyt, ortoklaz i muskowit – szczególnie bogate w potas. Natomiast w skałach tych nie stwierdzono minerałów zawierających związki fosforowe.