Cmentarz został zniszczony przez Niemców podczas II wojny światowej. Część nagrobków została przez nich wykorzystana do utwardzania ulic i budowy mostów. W latach 1993 i 1995 podczas prac budowlanych na terenie miasta odnaleziono kilkadziesiąt użytych w ten sposób nagrobków, które zwrócono na cmentarzOlszański w Szlakiem żydowskich zabytków Podkarpacia, red. T. A. Olszański podaje tezę o takim wykorzystaniu nagrobków w trybie przypuszczającym: Pozostałe nagrobki zostały prawdopodobnie zużyte przez okupanta do budowy dróg. A. Potocki w Żydzi w Podkarpackiem odnotowuje daty odkrycia macew na terenie miasta.. Cmentarz był w czasie II wojny światowej miejscem masowych pochówków podczas eksterminacji żydowskiej ludności miastaW. Litwin, M. Mańko, S. Mańko, Ustrzyki Dolne. Szlak Chasydzki., a także miejscem egzekucji uciekinierów z transportów do obozu zagłady w Bełżcu. Egzekucje te miały miejsce w styczniu (24 osobyA. Potocki, Żydzi w Podkarpackiem.) i sierpniu (kilkanaście osóbA. Potocki, Bieszczadzkie Judaica.) 1943 roku.