Zarzucano mu złe zaplanowanie lądowania pod Salerno, które niemal skończyło się klęską oddziałów desantowych.
Clark ponosi odpowiedzialność za zbombardowanie klasztoru na Monte Cassino 15 lutego 1944 roku, w trakcie bitwy o to wzgórze. Jego sposób prowadzenia działań bojowych był często krytykowany. Szczególnie niskie oceny wystawiano mu za akcję podczas ostatnich walk na linii Gustawa, kiedy to, ignorując rozkazy głównodowodzącego Grupą Armii brytyjskiego generała Harolda Alexandra, rzucił swe oddziały na Rzym (zajęty 4 czerwca 1944 roku, a więc dwa dni przed lądowaniem w Normandii), zamiast wykorzystać lukę w liniach nieprzyjaciela i zamknąć w kotle cofające się dywizje niemieckie. Brytyjski korespondent wojenny, kpt. Alan Whicker, napisał: „gdyby generał Clark służył w armii niemieckiej, Hitler kazałby go rozstrzelać”.
thumb|left|Generał Clark wjeżdża do wyzwolonego Rzymu, 4 czerwca 1944 W grudniu 1944 roku Clark przejął od Harolda Alexandra dowodzenie 15 Grupy Armii, co uczyniło go dowódcą wszystkich alianckich wojsk lądowych we Włoszech. Jako jej dowódca odmówił zgody na udział oddziałów II Korpusu Polskiego gen.