Kościół został poważnie uszkodzony w latach 1956-1958 wskutek eksploatacji górniczej i został wyłączony z użytku od października 1959 do grudnia 1962. Liczba parafian zmniejszyła się z ponad 4000 do około 1618 w 2020 roku.
Ze względu na fakt nieukończenia budowy według pierwotnego planu (nie wybudowano nawy) obecnie świątynia jest szersza niż dłuższa. Wybudowano przy niej 26 m wieżę, a układ w kościele zmieniono tak, by cała bryła kościoła nabrała odpowiedniego charakteru. Modernizacja kościoła została przeprowadzona pod kierunkiem Jacka Mistury. Obecne wnętrze ma geometryczne formy. 11 marca 2001 roku z udziałem 12 kapłanów, pod przewodnictwem biskupa Gerarda Bernackiego, odbyła się uroczystość poświęcenia dzwonów i wieży. Dzwony ufundowali parafianie, a odlała je ludwisarnia Felczyńskich z Taciszowa. Największy dzwon nazywany św. Andrzej Bobola waży 420 kg, dzwon Maryja - 280 kg, dzwon Józef - 190 kg. Gdy poświęcono kościół w 1949 roku jako młody wikary został skierowany do Wirku ksiądz Jan Kapołka. W kościele wireckim był bardzo krótko, tylko do marca 1950 roku.