Instytucje Protestanci posiadają w Portoryko własne instytucje oświatowe i medyczne. Prezbiterianie założyli Interamerykański Uniwersytet PortorykoInteramerykański Uniwersytet Portoryko posiadający 11 kampusów i 40 tysięcy studentów oraz Prezbiteriański Szpital w San Juan. Kościół Adwentystów Dnia Siódmego posiada własny uniwersytet (Antillian University) oraz Szpital Bella Vista w Mayagüezie z sześcioma akademikami i czterema klinikami. W 1909 r. różne wyznania protestanckie powołały własne międzywyznaniowe seminarium – Seminario Evangélico de Puerto Rico. W Portoryko działa także Rada Kościołów stworzona w celu współpracy między protestantami.
Denominacje Według danych za rok 2010 dla poszczególnych wyznań protestanckich dane przedstawiały się następująco: Iglesia de Dios Pentecostal – 82 000 Convención Bautista de Puerto Rico – 37 500 Iglesia Adventista del Séptimo Día – 36 553 Asambleas de Dios, Consejo General – 22 100 Iglesia Defensores de la Fe Cristiana – 21 200 Iglesia de Dios, Mission Board – 19 800 Iglesia Cristiana-Discípulos de Cristo – 11 700
Zobacz też Pentekostalizm w Portoryko