Jako „wróg ludu” został aresztowany w Bargłowie koło Augustowa 19 stycznia 1949 o godz. 15. Zatrzymania dokonali pracownicy Wydziału V Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Białymstoku – kapitan Stefan Tomczak (naczelnik tego wydziału) i podporucznik Bogdan Załuski (kierownik V sekcji Wydziału V), przy pomocy pracowników operacyjnych i wartowników z Powiatowego UB w Augustowie. Akcja została przeprowadzona w głębokiej tajemnicy tak, że Kuria Biskupia w Białymstoku dopiero 15 lutego 1949 dowiedziała się o aresztowaniu – w odpowiedzi na list wikariusza kapitulnego Kurii Biskupiej ks. biskupa Czesława Rydzewskiego.
W spreparowanym akcie oskarżenia zarzucano ks. Poniatowskiemu, że jako wikariusz parafii Szumowo utrzymywał kontakty z członkiem Narodowego Zjednoczenia Wojskowego Bronisławem Karwowskim, od którego ponadto przyjął 200 tys. zł. podczas amnestii w 1947 w celu wykupienia z więzienia byłego komendanta NZW, inżyniera Romualda Kozła, wykorzystując w tym celu znajomość z wiceministrem Bolesławem Podedwornym. Sam Karwowski podczas przesłuchania zeznał, iż poznał ks. Poniatowskiego w maju 1946. Na podstawie tych zarzutów 20 stycznia 1949 wojskowy prokurator rejonowy w Białymstoku, kapitan Ludwik Borowski, wydał wniosek o czasowe aresztowanie księdza, a 18 lutego zgodził się na przedłużenie aresztu do 20 marca.