thumb|250px|Jesus Lifehouse International Church w Tokio Protestantyzm w Japonii – jest religią mniejszościową; wyznawany jest przez 910 000 osób, co stanowi 0,7% japońskiego społeczeństwa.
Historia Pierwszym misjonarzem protestanckim, który odwiedził Japonię był prezbiterianin – Divie Bethune McCarteeInne źródła wskazują, że to James Curtis Hepburn był pierwszym protestanckim misjonarzem w Japonii.. Wizyta ta odbyła się w latach 1861–1862. Jego traktat z przesłaniem Ewangelii został wkrótce przetłumaczony na język japoński i był pierwszą publikacją protestancką wydaną w tym języku. W 1865 r. McCartee wrócił do Ningbo, w Chinach, choć jego wizyta przygotowała grunt pod działalność kolejnych misjonarzy protestanckich. W 1895 r. Armia Zbawienia rozpoczęła swoją działalność w Japonii. Rok później pojawili się pierwsi misjonarze Kościoła Adwentystów Dnia Siódmego, który obecnie posiada w tym kraju 15 153 wiernych zrzeszonych w 118 zborach.