Nr BP- 26592/37 o nadaniu odznaczenia "Wawrzyn Akademicki" () „za szerzenie zamiłowania do literatury polskiej”. Medal Dziesięciolecia Odzyskanej Niepodległości Order Białego Kruka ze Wstęgą Białej Myszy (28 czerwca 1959)
Upamiętnienie mały|Pomnik Zygmunta Klukowskiego w Szczebrzeszynie Od 1985 roku wręczana jest Nagroda im. Zygmunta Klukowskiego. W 1987 roku w Szczebrzeszynie odsłonięto jego pomnik autorstwa Bogusława Koczwary. Ponadto rada miasta Szczebrzeszyn nadała w 1996 roku jego imię Zespołowi Szkół nr 2 (przed szkołą postawiono jego popiersie). Jego nazwiskiem nazwano także ulicę (dawniej Klasztorną), przy której stoją budynki szpitalne.
Publikacje Organizacja pomocy lekarskiej dla włościan w Ordynacji Nieświeskiej książąt Radziwiłłów w pierwszej połowie XIX wieku, Poznań 1925. Lekarze jako dowódcy oddziałów powstańczych w 1863 roku, Warszawa 1926. Lekarze w powstaniu 1863 r. polegli w boju, zamordowani i straceni z wyroków sądu [Referat wygłoszony 15 lipca 1925 roku w Warszawie na II Zjeździe Historyków Medycyny], Poznań 1926. Opis dżumy w Lublinie w roku 1625, Poznań 1926. Dawne Szkoły im. Zamoyskich w Szczebrzeszynie 1811–1852, Zamość 1927. Instrukcja dla lekarzy polowych w powstaniu 1863 roku, Warszawa 1937. Dzieje Fundacji Szkolnej im.