Tramwaje kursowały ulicą Bonifraterską do 15 listopada 1947.
Zabudowa ulicy ucierpiała w czasie obrony Warszawy we wrześniu 1939.
W listopadzie 1940 południowy odcinek ulicy między ulicami Świętojerską i Sapieżyńską znalazł się w granicach warszawskiego getta. W grudniu 1941 granica dzielnicy zamkniętej została przesunięta na zachód, na środek jezdni. Ulicy nadano niemiecką nazwę Klosterstrasse.
Podczas powstania w getcie warszawskim ucierpiały niemal wszystkie budynki przy ulicy. Po zakończeniu wojny podjęto decyzję, że odbudowane zostaną jedynie Stadion Polonii Warszawa i Kościół Jana Bożego. Przylegający do kościoła klasztor został zniszczony w roku 1966 wraz z ruinami szpitala dla obłąkanych, jednak dość szybko zrekonstruowany. W 1947 zmieniono przebieg północnego odcinka ulicy. Wiadukty nad torami Dworca Gdańskiego zostały połączone z nowo wytyczoną ul. Marcelego Nowotki, co spowodowało utratę przez ulicę Bonifraterską roli głównego połączenia z Żoliborzem. Od 22 lipca 1949 do 12 kwietnia 1972 ulicą kursowały linie trolejbusowe.
Nowemu odcinkowi pomiędzy ulicami Międzyparkową i Szymanowską nadano nazwę ulica Bonifraterska uchwałą Rady Narodowej m.st. Warszawy z dnia 18 maja 1957.