Tibesti (północno-zachodnia część kraju) ma klimat górski z większymi opadami i niższą średnią temperaturą. W pozostałej części kraju występuje klimat równikowy o cechach monsunowych. Mniej więcej na szerokości stolicy kraju 13°N pojawia się wyraźna pora deszczowa, która wydłuża się w kierunku południowym.

Na południu kraju panuje klimat podrównikowy suchy, stopniowo przechodzący ku wilgotnemu. Średnia roczna suma opadów to 1000–1300 mm (pora deszczowa od maja do października), a w porze deszczowej występują częste burze. Temperatury nie wykazują dużych amplitud. Temperatura powietrza wynosi od 25 °C zimą do 30–32 °C w najgorętszych miesiącach (marzec–kwiecień).

Wody mały|Rzeka Szari przepływa przez terytorium państwa Czad i wpada do jeziora Czad.

Rzeki stałe płyną tylko na południu. Najdłuższą rzeką jest Szari, która wraz z dopływem, rzeką Logon, uchodzi rozległą deltą do jeziora Czad. W środkowej części Czadu występują rzeki okresowe, wzbierające latem, które głównie spływają z wyżyny Wadaj, a niektóre prowadzą do jeziora Fitri. Liczne uedy na północy wypełniają się wodą rzadko, tylko po sporadycznych opadach. Znaczną część powierzchni zajmują bagna.