Bp Slomšek przeniósł siedzibę biskupią do Mariboru (w 1859 Marburg), a następnie założył tam niższe i wyższe seminarium duchowne.
Działalność społeczna i ekumeniczna Zapoczątkował działania mające na celu uratowanie języka ojczystego. Opracował rytuał z komentarzami do sakramentów w języku słoweńskim. Dzięki jego działaniom (m.in. rozwinięciu sieci szkół niedzielnych) wprowadzono w szkolnictwie ludowym jako wykładowy, a w szkołach średnich jako przedmiot – język narodowy.
W 1846 roku zapoczątkował wydawanie rocznika Drobtinice (okruchy), w którym publikował swoje tłumaczenia (głównie z niemieckiego), poezje, opowiadania, przypowieści i przysłowia. W 1851 roku założył istniejące do dziś wydawnictwo Mohorjeva Družba, która to witryna wydała kilkanaście jego książek przeznaczonych dla dzieci i młodzieży, popularyzujących język słoweński. Pisząc podręczniki szkolne, współpracował z językoznawcą Franem Miklošičem.
Jest autorem żywotów świętych, wierszy religijnych, podręczników szkolnych i modlitwy o jedność wiary.