Granice portu określa rozporządzenie Ministra Transportu i Gospodarki Morskiej z 2001 rokuRozporządzenie Ministra Transportu i Gospodarki Morskiej z dnia 20 lipca 2001 r. w sprawie ustalenia granicy portu morskiego w Mrzeżynie od strony lądu. (). Granica na rzece Rega między śródlądowymi wodami powierzchniowymi a wodami morskimi wyznacza linia biegnąca wzdłuż północnej krawędzi mostu drogowego w MrzeżynieRozporządzenie Rady Ministrów z dnia 22 maja 2018 r. w sprawie granic między śródlądowymi wodami powierzchniowymi a morskimi wodami wewnętrznymi i wodami morza terytorialnego ().
Powierzchnia obszaru lądowego portu wynosi 11,7533 ha, które należą do gminy Trzebiatów i Skarbu Państwa. Akwatorium znajdujące się w granicach administracyjnych portu ma powierzchnię 6,55 ha(§6.) Zarządzenie Nr 2 Dyrektora Urzędu Morskiego w Szczecinie z dnia 3 czerwca 2002 r. w sprawie określenia akwenów portowych oraz ogólnodostępnych obiektów, urządzeń i instalacji wchodzących w skład infrastruktury portowej w portach morskich (Dz. Urz. Woj. Zachodniopomorskiego z 2002 r. Nr 38, poz. 798).