Historia Kompleks został utworzony w okresie Heian. W 886 roku cesarz Kōkō nakazał budowę świątyni, która miała być błogosławieństwem dla kraju i służyć rozwojowi buddyzmu w Japonii. Cesarz nie dożył jednak jej ukończenia. Jego następca, cesarz Uda, ukończył budowę w 888 roku. W 897 roku Uda abdykował na rzecz swojego syna Daigo, a sam zamieszkał w świątyni i stał się pierwszym monzeki (księciem-kapłanem)Książę z rodu cesarskiego, który otrzymał święcenia kapłańskie, naczelny kapłan świątyni poprzednio prowadzonej przez założyciela sekty; monzeki no tera → buddyjska świątynia, której naczelny kapłan pochodzi z rodziny cesarskiej.. Od tego momentu do późnego okresu Edo najważniejszy kapłan pochodził z cesarskiego rodu. W okresie wojen Ōnin (1466–1476) kompleks świątynny został zniszczony, ale wkrótce go odbudowano. Obecnie istniejące budynki pochodzą z lat 1641–1644. W czasie rekonstrukcji Pałacu Cesarskiego w Kioto (京都御所 Kyōto-gosho) część jego budynków została przeniesiona do Ninna-ji: główny pawilon oraz część rezydencji Ninna-ji Goten (była rezydencja głównego kapłana).