Jesienią 1938 dowodził, utworzoną w wyniku powszechnej mobilizacji, czechosłowacką 1 Armią. Był wówczas zwolennikiem stawienia zbrojnego oporu wojskom niemieckim. Krytykował politykę prowadzoną przez prezydenta Edvarda Beneša i proponował dokonanie wojskowego zamachu stanu. Swoją propozycją podzielił się z wojskowymi o podobnych do niego poglądach, m.in. generałem Lvem Prchalą. Przeciwny planom puczu był ówczesny szef Sztabu Generalnego Armii Czechosłowackiej gen. Ludvík Krejčí.
Za stanowisko prezentowane podczas kryzysu monachijskiego Siergiej Wojciechowski został wydalony ze służby wojskowej. Po rozpoczęciu okupacji Czech przez Niemców i utworzeniu marionetkowego Protektoratu Czech i Moraw zaangażował się w działalność konspiracyjnej czeskiej organizacji Obrona Narodu. Od 1939 do 1943 działał również w Rosyjskim Związku Ogólnowojskowym. W podziemnym rządzie czechosłowackim pełnił funkcję ministra wojny. Mieszkał w Pradze i znajdował się pod specjalnym nadzorem Gestapo. Wedle niepotwierdzonych źródłami, ale przekazywanych przez wnuka Wojciechowskiego informacji, w okresie II wojny światowej generała miała odwiedzić wysoka rangą niemiecka delegacja. Miano mu zaoferować dowodzenie Rosyjską Armią Wyzwoleńczą (w miejsce gen. Andrieja Własowa).