Jednak Cassar nadal decydował o ostatecznym projekcie i wprowadzał modyfikacje, stając się tym samym jedynym projektantem świątyni. Kiedy w 1577 kościół św. Jana został ukończony, stał się on nowym kościołem konwentualnym Zakonu w miejsce kościoła św. Wawrzyńca w dawnej siedzibie Zakonu, Birgu. Budowa oratorium i zakrystii rozpoczęła się w 1598, podczas rządów Martina Garzesa; obie budowy zostały ukończone przez wielkiego mistrza Alofa de Wignacourta w 1604. Przez pierwszy wiek swojego istnienia wnętrze kościoła było skromnie ozdobione. Jednak w latach sześćdziesiątych XVII wieku wielki mistrz Raphael Cotoner nakazał remont wnętrza tak, aby mogło konkurować z kościołami Rzymu. Kalabryjski artysta Mattia Preti był odpowiedzialny za jego ozdobę, i skutecznie odmienił wnętrze w stylu barokowym. Dobudówki z boku katedry zostały dodane później, widnieje na nich herb wielkiego mistrza Antonio Manoela de Vilheny, który panował w latach 1722–1736.