W nawie głównej znajdują się również dwa inne znamienne dzieła sztuki. Jednym z nich jest XVI-wieczna misternie rzeźbiona drewniana ambona, której wykonanie przypisywane jest Antonio Laziemu, zaś drugim XVII-wieczny olbrzymi, wykonany z marmuru i brązu pomnik nagrobny mieszczący szczątki wielkiego mistrza Marc’Antonio Zondadariego. Pomnik wykonał florencki artysta w 1723. Jest to jedyny pomnik nagrobny wielkiego mistrza znajdujący się w nawie katedry, ponieważ jego wymiary nie pozwoliły umieścić go w kaplicy języka włoskiego.
Obrazy na sklepieniu thumb|left|Alegoria Zakonu nad wejściem do katedry Poza elementami architektonicznymi główną dekoracją nawy jest seria obrazów na sklepieniu, wykonanych przez Mattia Pretiego w latach 1686–1703. Ich tematem są epizody z życia św. Jana Chrzciciela, patrona Zakonu. Zazwyczaj obrazy na ścianach wykonywane były techniką al fresco, bazującą na farbach wodnych, lecz Preti użył farb olejnych kładzionych bezpośrednio na tynku metodą „sotto in su”. Mattia Preti rozpoczął malowanie sklepienia od lunety nad głównym wejściem do kościoła, gdzie przedstawił alegorię Zakonu, reprezentowaną przez Minerwę, rzymską boginię wojny i mądrości, depczącą muzułmańskich niewolników.