W 1999 opuściła konserwatystów, stając na czele nowego ugrupowania – Ojczyźnianej Partii Ludowej (TLP). W 2000 bez powodzenia ubiegała się o reelekcję w wyborach parlamentarnych. Powróciła następnie do pracy jako wykładowca akademicki, obejmując stanowisko profesora nadzwyczajnego na wydziale nauk politycznych na Litewskim Uniwersytecie Prawa w Wilnie, była też dyrektorem instytutu zajmującego się polityką Unii Europejskiej, a także (w latach 2002–2004) dziekanem wydziału administracji publicznej.

Po połączeniu się TLP z innymi małymi partiami należała do Litewskiego Związku Prawicy, który następnie w 2003 przyłączył się do Związku Ojczyzny. Laima Andrikienė tym samym powróciła do swojej poprzedniej partii, wchodząc w skład jej władz krajowych. W 2004 i 2009 z ramienia konserwatystów uzyskiwała mandat posła do Parlamentu Europejskiego. W 2013 zgłosiła swoją kandydaturę na przewodniczącą TS-LKD, jednak wycofała się jeszcze przed głosowaniem.

W 2014 nie utrzymała mandatu europosłanki, powróciła do PE jednak w 2016 w miejsce Gabrieliusa Landsbergisa, zasiadając w nim do 2019. W 2020 ponownie wybrana do litewskiego parlamentu.