Okres gdański Po dziewięciu latach pracy w Gimnazjum im. T. Reytana, 1 lutego 1928, został urlopowany i delegowany przez Min. Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego do Gimnazjum Polskiej Macierzy Szkolnej w Gdańsku jako nauczyciel nauk przyrodniczych. Został też wicedyrektorem tego gimnazjum. Pobyt w Gdańsku zaznaczył się jako nowy, niezwykle płodny okres w życiu Adama Czartkowskiego i pozwolił mu rozwinąć jego wszechstronne zainteresowania. W 1929 wstąpił do Towarzystwa Przyjaciół Nauki i Sztuki: rozpoczął pracę jako członek Zarządu, zastępca sekretarza generalnego, od 1930 sekretarz generalny, a w latach 1937–1939 jako wiceprezes. Odznaczył się w tym czasie jako inicjator i wykonawca wielu prac naukowych oraz organizator imprez kulturalnych.

W latach 1929–1930 był przewodniczącym Komitetu dla Popierania Sztuki Polskiej w Gdańsku, dzięki któremu wystawiono kilka sztuk teatralnych i zorganizowano wystawy polskiego malarstwa. Z inicjatywy Adama Czartkowskiego grupa asystentów prof. Pollaka z Poznania dokonała spisu druków od XV do XVIII wieku, znajdujących się w Bibliotece Miejskiej w Gdańsku, a nie figurujących w Bibliografii polskiej Estreichera. Jego zasługą było też wydanie listów S. Przybyszewskiego oraz przygotowanie przez A. Skałkowskiego „Archiwum Wybickiego”, którego dwa tomy ukazały się po wojnie.