to również przetrwało trzęsienie ziemi. Dwa włoskie owalne portrety na przodzie pilarów są mozaiką z marmuru, z fotograficzną dokładnością przedstawiają św. Piotra i św. Pawła. Pochodzą z roku 1873. Rzadki i cenny srebrny krzyż przywieziony przez joannitów z Rodos. Przekaz (jednakże niepotwierdzony) mówi, że Gotfryd z Bouillon przywiózł go do Jerozolimy w czasie pierwszej krucjaty w 1099 r. Dwa trony naprzeciw głównego ołtarza zarezerwowane są dla biskupa Malty oraz Wielkiego Mistrza Zakonu. Oryginalne malowidła Giovanniego Garucci z roku 1850 wewnątrz wspaniałej kopuły zostały zniszczone przez pogodę; współczesne malowidła, pędzla Raffaele Caffaro Rorègo z roku 1960, przedstawiają Boską misję Kościoła. Malowidła wewnątrz dwóch małych kopuł wykonał w latach 1750-1790 Francesco Vincenzo Zahra. Podobnie jak kaplica Najświętszego Sakramentu, tak i kaplica Ukrzyżowania (na prawo od ołtarza głównego) ma delikatnie inkrustowaną marmurową podłogę, przypominającą dywan, oraz ponurą czarno-złotą XVIII-wieczną bramę. Po lewej stronie bramy umieszczono tablicę z łacińskim napisem upamiętniającym mszę świętą, której przewodniczył podczas swej pierwszej podróży apostolskiej na Maltę, papież Jan Paweł II w dniu 27 maja 1990 r. Krucyfiks w kaplicy został wykonany przez franciszkańskiego mnicha w XVII w. Obraz w ołtarzu św.