Kariera W 1866 rozpoczęła pracę w St Mary's Dispensary, instytucji mającej zapewniać opiekę medyczną ubogim kobietom. Placówka ta szybko rozwinęła się w New Hospital for Women, założony wspólnie z Sophią Jex-Blake, gdzie Garrett pracowała przez ponad 20 lat. W 1870 uzyskała tytuł naukowy z medycyny na Uniwersytecie Paryskim. W tym samym roku została wybrana do London School Board, jako reprezentantka okręgu Marylebone. Rozpoczęła również pracę w East London Hospital for Children, ale ostatecznie zrezygnowała z tej pracy i poświęciła się działalności w New Hospital for Women. W 1871 poślubiła Jamesa Andersona i miała z nim troje dzieci (Louisę, Margaret i Alana).
Przez 19 lat, od 1873, Garrett Anderson była jedyną kobietą w Brytyjskim Towarzystwie Medycznym. Nadal pracowała w New Hospital for Women, a w 1874 doprowadziła do powstania . W 1897 r. została wybrana prezesem wschodnioangielskiej gałęzi Brytyjskiego Towarzystwa Medycznego.
9 listopada 1908 została wybrana na burmistrza Aldeburgh;