W 1380 roku, podczas wojny o Chioggię, Koper został zdobyty i splądrowany przez Genueńczyków. Zniszczono wówczas atrium znajdujące się przed fasadą kościoła, a z miasta wywieziono relikwie św. Nazariusza i św. Aleksandra. Po zniszczeniach rozpoczęto przebudowę świątyni i jej przedłużanie w kierunku stojącej wcześniej osobno dzwonnicy miejskiej.
W 1422 roku relikwie patronów miasta zostały sprowadzone z Genui do Kopru. Za rządów biskupa Francesca Biondiego wzniesiono trzy arkady łączące korpus kościoła z dzwonnicą, a 7 listopada 1445 roku biskup konsekrował przebudowaną świątynię oraz ołtarz św. Nazariusza. Pod koniec XV wieku kościół przedłużono do linii dzwonnicy i ukształtowano fasadę, której dolna część reprezentuje gotyk wenecki, a górna – wczesny renesans.
Na początku XVII wieku wnętrze nadal zachowywało układ romańskiej bazyliki. Według opisu Niccolò Manzuolego z 1611 roku było podzielone na nawę główną i dwie nawy boczne za pomocą osiemnastu marmurowych kolumn. Pod prezbiterium znajdowała się krypta, w której mieścił się ołtarz św. Eliasza, natomiast przed prezbiterium ustawiony był sarkofag św. Nazariusza.