28 lipca 1992 Houghton został piłkarzem Aston Villi, do której trafił za 900 tysięcy funtów. W jej barwach zadebiutował 15 sierpnia w zremisowanym 1:1 meczu z Ipswich Town. W Aston Villi występował wraz z rodakami, Paulem McGrathem, Steve'em Stauntonem, oraz Andym Townsendem. 27 marca 1994 roku zdobył z „The Villans” Puchar Ligi Angielskiej, ale w wygranym 3:1 finale z Manchesterem United nie wystąpił. Było to jedyne trofeum Irlandczyka za czasów gry w drużynie z Birmingham. Łącznie wystąpił dla niej 95 razy strzelając przy tym 6 goli.
23 marca 1995 roku Houghton opuścił Aston Villę i wrócił po latach do Londynu. W Crystal Palace po raz pierwszy wystąpił 1 kwietnia przeciwko Manchesterowi City (2:1). Jednak na koniec sezonu 1994/1995 klub ten zajął 4. miejsce od końca w Premier League i spadł do Division One. Na tym szczeblu rozgrywek Ray grał jeszcze przez dwa sezony i wtedy też odszedł do Reading F.C. 9 sierpnia 1997 zagrał dla niego po raz pierwszy. Reading zremisowało wówczas 1:1 z Bury F.C. W 1998 roku Reading spadło do Division Two, a w 1999 przeszedł do grającego w Conference Stevenage Borough.