Albertas Šimėnas powrócił następnego dnia, nie kwestionował utraty stanowiska, a w nowym gabinecie od maja 1991 do grudnia 1992 zajmował urząd ministra gospodarki.
Po zakończeniu kadencji parlamentu od 1992 do 1996 pełnił funkcję zastępcy dyrektora w instytucie naukowym zajmującym się ekonomią i prywatyzacją. W 1994 powrócił do działalności politycznej, przystępując do Litewskiej Partii Chrześcijańskich Demokratów, z ramienia której dwa lata później uzyskał ponownie mandat posła na Sejm. W latach 1996–2000 pełnił funkcję przewodniczącego sejmowej komisji gospodarki, a w latach 1997–2000 wiceprzewodniczącego komisji ds. europejskich.
Bez powodzenia kandydował w wyborach parlamentarnych w 2000 i do Parlamentu Europejskiego w 2004. Wycofał się ponownie z bieżącej polityki, obejmując kierownicze stanowiska w kolejach litewskich Lietuvos geležinkeliai, gdzie od 2000 był dyrektorem ds. rozwoju, a w 2007 objął funkcję wicedyrektora generalnego.