Stopień doktora nauk humanistycznych w zakresie historii uzyskał na Wydziale Humanistycznym UMK w 1992. Tematem jego pracy doktorskiej było Osadnictwo wiejskie województwa pomorskiego od połowy XVI do końca XVII wieku, a promotorem Stefan Cackowski. Stopień doktora habilitowanego nauk humanistycznych w zakresie historii uzyskał na tym samym wydziale w 2000 na podstawie dorobku naukowego i rozprawy Przestrzeń i społeczeństwo Torunia od końca XIV do początku XVIII wieku. 18 kwietnia 2005 otrzymał tytuł profesora nauk humanistycznych.

W latach 1998–2000 pełnił funkcję zastępca dyrektora Instytutu Historii i Archiwistyki UMK, od 2003 do 2006 kierował tym instytutem. W latach 2003–2013 był prezesem Polskiego Towarzystwa Historycznego, następnie wiceprezesem i ponownie od 2015 roku prezesem.

30 kwietnia 2009 został powołany przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego na członka pierwszej kadencji (2009−2013) Rady Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku.

W 2012 został przewodniczącym Komitetu Nauk Historycznych PAN. Został wybrany na członka Komitetu Nauk Historycznych PAN na kadencję 2020–2023.

W lutym 2017 został wybrany na przewodniczącego Sekcji I – Nauk Humanistycznych i Społecznych Centralnej Komisji do Spraw Stopni i Tytułów.