Od 3 marca 1942 r. w więzieniu przebywali aresztowani profesorowie Wileńskiego Seminarium Duchownego i Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Stefana Batorego, wileńscy księża (łącznie 29-ciu kapłanów) oraz 81 kleryków. Klerycy narodowości litewskiej zostali po trzech dniach zwolnieni, pozostałych 5 maja 1942 r. wywieziono na roboty przymusowe do Niemiec. Księży profesorów 18 marca 1942 r. wywieziono do Wyłkowyszek, gdzie byli internowani w litewskim Seminarium Duchownym. Kapłani spoza Seminarium zostali w większości zwolnieni 29 marca 1942 r.
26 marca 1942 r. uwięziono około 60 wileńskich zakonników i około 230 sióstr zakonnych. Po jakimś czasie część uwięzionych zwolniono, a innych wywieziono do obozów na Litwie bądź rozesłano w głąb Litwy.
Więzienie zostało oficjalnie zamknięte 2 lipca 2019 i przekształcone w muzeum i centrum kulturowe. W ostatnim okresie przed zamknięciem pełniło rolę aresztu i więzienia – przebywało w nim około 1100 osób, w tym po wyroku około 200 osadzonych.