Drugi sezon mocno zmienia fabułę serialu. Tym razem Chris i Joy są już starsi o kilka lat, a do tego schodzą na drugi plan, zaś głównymi bohaterami historii stają się młodszy brat Chrisa, Uriah "Uri" Peeper oraz Gizmo, którzy podróżują po wydarzeniach biblijnych za sprawą tej samej książki. Wszystko zaczyna się w chwili, gdy Super Księga zostaje otwarta przed włączonym komputerem. Jej moc wnika niespodziewanie do maszyny, która niedługo potem wciąga do swego wnętrza pieska Rufflesa, a także Uriego i Gizmo (który w tym sezonie jest już prawdziwym robotem zbudowanym przez brata profesora Peepera). Chris i Joy nie są w stanie pomóc przyjaciołom ani ruszyć za nimi. Mogą jedynie obserwować przez komputer ich poczynania, a także próbować ukryć przed dorosłymi nieobecność Uriego. Tymczasem Uri i Gizmo poszukują Rufflesa, podróżując poprzez różne wydarzenia biblijne, jednak dopiero w ostatnim odcinku udaje im się odnaleźć pieska i wrócić do domu. Przez ten czas przeżywają wiele niesamowitych przygód, biorąc udział w historiach ze Starego i Nowego Testamentu, ale podobnie jak Chris i Joy w pierwszym sezonie, tak Uri i Gizmo w drugim nie mają prawie żadnego wpływu na rozwój wydarzeń.