Cała świątynia pokryta jest malowidłami o bogatej treści i stylistyce. Najstarsze freski (z 1483, należące do tzw. szkoły macedońskiej) widnieją na ścianach sanktuarium i w kopule, zaś malowidła w nawie i narteksie pochodzą z 1552 (szkoła kreteńska). Wśród fresków znajdują się obrazy Bogurodzica Tronująca, Trzej Mędrcy i sceny Męki Chrystusa. W nawie wymalowano chyba całą historię życia Chrystusa od Narodzenia po spotkanie z Tomaszem oraz liczne postaci świętych. Najbardziej charakterystyczne i wartościowe to Chrystus Pantokrator w kopule głównej oraz Przemienienie, Wskrzeszenie Łazarza, Wjazd do Jerozolimy, Ostatnia Wieczerza, Ukrzyżowanie, Zstąpienie do Otchłani, Zaśnięcie Matki Bożej (w górnych partiach ścian) oraz wizerunki założycieli monastyru, świętych Atanazego i Joazafa. Narteks pokrywają sceny męczeństw oraz, na ścianie południowej, pełnowymiarowe wizerunki tych świętych, trzymających zbudowany przez siebie katolikon.
Wystroju świątyni dopełniają: rzeźbiony ikonostas z XVIII w., tron biskupi z XVII w. inkrustowany macicą perłową, bogato zdobione inkrustowane pulpity oraz ikony.