Po latach, być może dzięki interwencji swego ojca, dopuszczono go do złożenia ślubów zakonnych jako brat kooperator (bez sakramentu święceń), pracował jako ogrodnik, fryzjer i jałmużnik klasztoru w Limie.
Był szanowany i podziwiany przez ludzi wszystkich klas i zawodów. Członkowie jego wspólnoty nazywali Marcina „ojcem dobroczynności”. W ciągu życia doświadczał ekstaz i różnych nadprzyrodzonych darów, np. uzdrawiania. Po śmierci odnotowano liczne cuda przy jego grobie, a jego ciało ekshumowane po 25 latach okazało się nietknięte i wydawało piękny zapach.
Działalność Założył sierociniec w Limie. Pielęgnował chorych, opiekował się ludźmi dotkniętymi zarazą i biednymi, bez względu na ich kolor skóry. Jednak szczególnie przejmował się losem czarnych niewolników. W domu swojej siostry umieszczał chorych ubogich, których nie mógł przyjąć w klasztorze.