Po manifestacji antymobilizacyjnej rekruta na wojnę rosyjsko-japońską, z 24 na 25 grudnia 1904 aresztowany i więziony trzy miesiące. Na wolności w maju 1905 r. zaczął kierować Organizacją Bojową PPS w Radomiu. Ponadto uczestniczył w kilku zamachach bombowych. Malinowskiego ponownie aresztowano 31 grudnia 1905 i przez rok więziono w Radomiu, Sandomierzu i w Warszawie. Następnie zesłany do Pinegi za Archangielskiem, skąd zbiegł po dziesięciu dniach. Dotarł do Krakowa, gdzie związał się z PPS – Frakcja Rewolucyjna. W 1907 r. został członkiem Wydziału Agitacyjno-Organizacyjnego przy Centralnym Komitecie Robotniczym PPS – Frakcji Rewolucyjnej oraz „okręgowcem” w Zagłębiu Dąbrowskim.
Podczas konferencji partyjnej w Łodzi 1 listopada 1907, został aresztowany pod nazwiskiem Bolesław Janowski. 13 lipca 1908 został skazany pod fałszywym nazwiskiem przez sąd wojskowy w Warszawie na 6 lat katorgi, więziony w Warszawie i Smoleńsku, w 1913 przeniesiony na bezterminowe zesłanie do guberni irkuckiej, skąd zbiegł w maju 1914 do Krakowa.