W styczniu 1919 został przyjęty do Wojska Polskiego z zatwierdzeniem posiadanego stopnia pułkownika i przydzielony na stanowisko komendanta Oficerskich Kursów Mierniczych. Szef Sekcji w Wojskowym Instytucie Geograficznym. Październik 1919 - luty 1920 Stacja Zborna w Warszawie, luty 1920 - czerwiec 1923 szef Sekcji Topograficznej Wojskowego Instytutu Geograficznego. W okresach 12 kwietnia 1919 - 13 czerwca 1919 i następnie od lipca 1920 - 1 października 1920 pełniący obowiązki szefa Instytutu Wojskowo Geograficznego. 29 maja 1920 zatwierdzony został z dniem 1 kwietnia tego roku, w stopniu pułkownika, w korpusie inżynierii i saperów, w grupie oficerów byłych Korpusów Wschodnich i byłej armii rosyjskiej. Od 1 czerwca 1921 był oficerem korpusu geograficznego. Z dniem 1 czerwca 1922 został przeniesiony w stan spoczynku, w stopniu generała brygady, z prawem noszenia munduru. Minister spraw wojskowych zatrzymał go jednak w służbie czynnej na rok. 26 października 1923 Prezydent RP Stanisław Wojciechowski zatwierdził go w stopniu generała brygady. Mieszkał w Warszawie, gdzie zmarł 7 maja 1929. Został pochowany w Łowiczu.
Jan Morawski od 1901 był żonaty z Aleksandrą Franciszką Kopystyńską.