W chwili wybuchu II wojny światowej Nowolipki posiadały zwartą zabudowę, na końcowym odcinku znajdowały się co prawda drewniane zabudowania warsztatów, jednak początek ulicy wciąż ozdabiały okazałe gmachy. W roku 1939 spłonął gmach szkoły pod nr. 11 oraz skrzydła pałacu Mostowskich.
W listopadzie 1940 ulica, poza pojedynczymi budynkami w pobliżu skrzyżowań z ulicami Przejazd i Wolność, została włączona w obręb warszawskiego getta. Po wielkiej akcji deportacyjnej w lecie 1942 wyłączono z niego końcowy odcinek ulicy (w pobliżu ul. Wolność). W tzw. getcie szczątkowym Nowolipki na prawie całej swej długości były ulicą graniczną pomiędzy głównym obszarem szopów ciągnącym się na południe aż do ulicy Leszno, a pasem niezamieszkanym pomiędzy Nowolipkami a Gęsią na północyMapa Getto warszawskie. Getto szczątkowe po wielkiej akcji likwidacyjnej (oprac. Paweł E. Weszpiński), [w:] Barbara Engelking, Jacek Leociak, Getto warszawskie. Przewodnik po nieistniejącym mieście, Wydawnictwo IFiS PAN, Warszawa 2001.. W czasie powstania w getcie Niemcy spalili, a następnie zburzyli większość zabudowy. Ocalał kościół św. Augustyna, oszczędzony zapewne z racji obserwacyjnych walorów strzelistej wieży.