Są tu ukazane: alegoria Kościoła wschodniego i zachodniego jako budowli znajdującej się w porcie, na dnie morza; alegoria zbawczej mocy i działania Krzyża w kontekście cierpień i nieszczęść dotykających ludzi; statek ze zwiniętym żaglem i płonącym sercem na pokładzie, wśród fal morskich – symboliczna scena wyrażająca tęsknotę niespokojnego ludzkiego serca za Bożą prawdą; ilustracje biblijnych przypowieści o dobrym zasiewie oraz o dobrej i złej budowli.
Empory nad bocznymi kaplicami są otwarte do nawy półkolistymi arkadami, wspartymi na filarach Na ich sklepieniach znajdują się kolejne malarskie wizje figur mesjańskich ze Starego Testamentu.
W emporach po stronie północnej umieszczone zostały wizerunki ukazujące: dwanaście pokoleń Izraela; kapłanów zgromadzonych wokół Arki, stanowiącej zapowiedź Nowego Przymierza, którego kapłanem jest Jezus; Dawida, Saula i Salomona oraz monarchów z Nowego Testamentu; bohaterskie kobiety izraelskie.
Na sklepieniach empor po przeciwnej, południowej stronie znajdują się freski przedstawiające: przejście przez Morze Czerwone; matkę Machabeuszy z synami oraz proroków Izajasza i Jeremiasza; Hioba, Zuzannę i Tobiasza; Daniela, Józefa Egipskiego, Mojżesza, Eliasza z Jonaszem oraz Noego.