Kościół odnawiany był w latach 1834-1835 oraz 1929-1930. Szczęśliwie przetrwał pożar Nysy w 1945 roku – zniszczeniu uległy wówczas jedynie szyby i ramy okienne, a ślady po rozpryskujących się wówczas kroplach roztopionego ołowiu są do dziś widoczne na ławkach.
W okresie PRL świątynia pełniła funkcję kościoła seminaryjnego, a od 2 sierpnia 1999 roku jest kościołem głównym nowo utworzonej parafii świętych Apostołów Piotra i Pawła, wydzielonej z parafii św. Jakuba.
Architektura i wystrój wnętrza thumb|240px|Ołtarz główny thumb|240px|Prezbiterium i fragment nawy głównej thumb|240px|Ambona thumb|240px|Chór muzyczny z prospektem organowym
Trójprzęsłowy barokowy kościół orientowany, nakryty dachem dwuspadowym nad korpusem i wielopołaciowym nad prezbiterium. Wzniesiony w ciągu zabudowań ulicy Brackiej, wzorowany na kościele św. Mikołaja na Małej Stranie w Pradze. Według słów Pawła Jasienicy z 1948 jest jak bliski krewny kościołów krakowskich, wileńskich, warszawskich, a w jego ołtarzu głównym jest "Polnische Muttergott" albo "die Schwarze Madonna" – czyli po prostu Częstochowska, co czyni go przykładem swojszczyzny na ŚląskuPaweł Jasienica, Śląski Rzym, w: Tygodnik Powszechny, nr 2(147)/1948, s.