Równie ekspresyjna jak forma jest także treść tych dzieł. Wszystkie kościelne malowidła są podporządkowane motywowi uwielbienia tajemnicy Krzyża Świętego jako narzędzia męki Chrystusa i źródła zbawienia.
Freski nyskich bożogrobców to jednak nie tylko sama estetyka, forma i przeżycie, lecz także przedstawienie wielkich idei filozoficznych za pomocą symboli, alegorii i innych środków retorycznych. Ukazana została na nich teologia Pisma Świętego i historia zbawienia.
Prezbiterium oddzielone jest od nawy gurtami oraz przyściennymi kolumnami, wspartymi na wysokich cokołach, ozdobionymi medalionami z popiersiami Piotra i Pawła i rokokowymi kinkietami oraz figurami aniołów w zwieńczeniu.
Późnobarokowy ołtarz główny świątyni pochodzi z 1730 roku. Jest wykuty z różnokolorowych odmian marmuru i rzeźbiony z drewna lipowego, które później poddano złoceniu.
Na mensie stoi rokokowe tabernakulum ozdobione motywami winnych gron, kłosów zbóż i figurami aniołów, a po jego bokach znajdują się dwa relikwiarze.