Po kryzysie przysięgowym zwolniono go z Legionów, powrócił wówczas do Lwowa na dawne stanowisko. Gdy Polska odzyskała niepodległość, wstąpił do Wojska Polskiego. W grudniu 1918 mianowano go ordynatorem oddziału chirurgicznego Szpitala Wojskowego w Chełmie. 24 czerwca 1920 został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 w stopniu podpułkownika, w Korpusie Lekarskim, w grupie oficerów byłych Legionów Polskich. 18 marca 1921 roku, na podstawie wniosku reklamacyjnego, zwolniono prof. Jakowickiego z czynnej służby i zaliczono go do rezerwy armii. 8 stycznia 1924 został zatwierdzony w stopniu podpułkownika ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 i 40. lokatą w korpusie oficerów rezerwy sanitarnych, grupa lekarzy. Posiadał wówczas przydział w rezerwie do 9 Batalionu Sanitarnego w Siedlcach. W pozostawał w ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Wilno Miasto. Posiadał przydział w rezerwie do Kadry Zapasowej 3 Szpitala Okręgowego.
W latach 1920–1924 pracował w klinice położnictwa Uniwersytetu Warszawskiego jako adiunkt. W 1923 uzyskał habilitację. Z dniem 1 października 1925 objął katedrę położnictwa i ginekologii Uniwersytetu Stefana Batorego. Wkrótce został profesorem nadzwyczajnym i kierownikiem kliniki.