Po raz drugi objął tekę premiera w 1865 po tym, jak Frederick Weld zrezygnował z tego stanowiska z powodów zdrowotnych. Po raz kolejny starł się z władzami kolonialnymi w sprawie wojny maoryskiej, a przede wszystkim w kwestii, kto ma podejmować decyzje i ponosić koszty. Po trzech latach sporów zawarto porozumienie, na mocy którego koszty miały być dzielone między metropolię a kolonię, zaś najważniejsze decyzje odnośnie do dalszych kroków miały leżeć po stronie premiera Nowej Zelandii. Stafford przyjął mocno ugodową politykę wobec Maorysów, prosząc gubernatora o ułaskawienie ich ściganych wodzów i gwarantując ich przedstawicielom miejsca w parlamencie. Taka strategia nie przynosiła jednak najlepszych rezultatów i w 1869 premier przegrał wybory.
W 1872 Stafford po raz ostatni odzyskał władzę po tym, jak trzeci rząd Foksa upadł w wyniku rywalizacji między premierem a ministrem finansów Juliusem Vogelem. Jego ekipa miała jednak bardzo nikłą przewagę w parlamencie i dość szybko przegrała głosowanie nad wotum nieufności. Stafford próbował salwować się przedterminowymi wyborami, jednak gubernator odmówił ich rozpisania, wobec czego musiał zrezygnować ze stanowiska.