W latach 90., gdy Luksemburg ogarnięty został przez falę konsolidacji klubów, Fola otrzymała propozycję fuzji ze swym potężniejszym sąsiadem, klubem Jeunesse Esch, którą zdecydowanie odrzuciła. W sezonie 1999/2000 II ligowa Fola spadła aż do III ligi. W sezonie 2002/03 klub powrócił do II ligi. W sezonie 2004/05 Fola po raz drugi w historii spadła do III ligi luksemburskiej, jednak już w następnym sezonie awansowała z powrotem do II ligi. W sezonie 2006/07 klub zajął 3. miejsce i zakwalifikował się do barażu o awans do I ligi, który jednak przegrał z klubem Victoria Rosport. W sierpniu 2007 zespół doznał znaczącego wzmocnienia, ponieważ kontrakt z klubem Fola podpisał Mustapha Hadji, były pomocnik reprezentacji Maroka.
W sezonie 2007/08 Fola zajęła 2. miejsce w II lidze i awansowała do najwyższej ligi Luksemburga.
Europejskie puchary