Dzieło wspiera się na rozbudowanych partiach polifonicznych chóru. Partie chóralne, z jednej strony rozpisane na typową dla twórczości Bacha formę kantaty, z drugiej nawiązują do stylu szkoły rzymskiej Palestriny, a nawet jeszcze wcześniejszych; Credo czerpie z motywów chorału gregoriańskiego.
W utworze Bach zastosował symbolikę liczb. Np. w Credo dużą rolę odgrywa liczba 7, która symbolizuje Stworzyciela i akt twórczy. Wyraz credo pojawia się 49 razy (7x7).
Razem więc liczy cała Msza 27 ogniw. W dwu największych częściach, Gloria i Credo możemy doszukać się akcentów trynitarnych: liczą one po 9 ogniw, a więc 3x3 elementów. Obydwie te części posiadają symetralną strukturę, zwłaszcza Gloria, której centrum, tak strukturalnym, jak i (możemy się domyślać) teologicznym, jest Domine Deus, a w przypadku Credo – motyw ukrzyżowania.
Msza podzielona jest na następujące sekcje:
I. Kyrie Kyrie eleison – fuga w tonacji h-moll, 5-głosowy chór (sopran I, sopran II, alt, tenor, bas); tempo: adagio, largo Christe eleison – duet (sopran I, sopran II) w tonacji D-dur, andante Kyrie eleison – fuga w tonacji fis-moll, 4-głosowy chór (SATB), metrum: ;