Zaślubił w 1666 roku Zofię Teresę Wierzbowską – córkę Władysława – wojewody brzeskokujawskiego, i Gryzeldy Żalińskiej. Z żoną Zofią miał córki: Teresę Ossolińską -wydaną za Aleksandra Michała Moszyńskiego – skarbnika podlaskiego, Katarzynę Ossolińską – wydaną za Wojciecha Godlewskiego, Barbarę Ossolińską – wydaną za Wojciecha Oborskiego, Jadwigę Ossolińską – wydaną za Jana Rzewuskiego h. Krzywda – podkomorzego wendeńskiego, Eufrozynę Ossolińską – wydaną za Ludwika Roszkowskiego, a po jego śmierci za Pawła Sienickiego – chorążego nurskiego
Jakub Ossoliński miał oprócz córek dwóch synów. Jego synami byli; Erazm Antoni Ossoliński (zm. po 1713) - miecznik mielnicki (1700), chorąży mielnicki (1713), podkomorzy nowogrodzki. Stefan Ossoliński (zm. 1750) – cześnik mielnicki, chorąży podlaski (w 1728).
Był konsyliarzem ziemi mielnickiej w konfederacji sandomierskiej 1704 rokuActum In Castro Sandomiriensi Sabbato Ante Festvm Sanctorvm Viti & Modesti Martyrvm Proximo, Anno Domini Millesimo Septingentesimo Qvarto, [b.n.s].