12 sierpnia 1984 r. uroczystego poświęcenia placu pod budowę kościoła bł. Jadwigi Królowej dokonał biskup Edward Kisiel, administrator apostolski archidiecezji w Białymstoku. Budowę kościoła zaczęto w maju 1986 pod nadzorem inż. Eugeniusza Bokińca. Jesienią 1988 r. zaczęto już odprawiać nabożeństwa w dolnym kościele, a we wrześniu 1989 r. oddano do użytku liturgicznego. W roku 1990 oddano do użytku dom katechetyczny, gdzie zamieszkali księża.
Kontrowersje z 2019 21 lipca 2019 r. parafia zamieściła na swojej stronie internetowej kontrowersyjny wpis dziękczynny wobec wszystkich osób broniących tradycyjnych wartości w jakikolwiek sposób podczas Pierwszego Marszu Równości w Białymstoku, kiedy to środowiska pseudokibicowskie obrzuciły policjantów oraz uczestników Marszu kamieniami, szklanymi butelkami i petardami, a także dopuściły się dotkliwych pobić wobec nie tylko uczestników Marszu, ale też przypadkowo napotkanych osób używając przy tym wulgarnych słów i opluwając ofiary. Wpis parafii wywołał lawinę komentarzy w mediach społecznościach oraz ogólnopolskich środkach masowego przekazu i był przedmiotem debaty publicznej.